감사원 측은 18일 자료를 통해 '서해 공무원 피격' 감사가 감사위 의결을 거치지 않았다는 비판에 대해 "개별 감사는 감사원장 결재에 의해 수시로 착수된다"며 "이번 감사도 원장 결정에 따라 적법하게 개시됐다"고 주장했다.
또 주요 군첩보를 감사원이 노출시켰다는 지적에 대해서는 "국방부에 '동일성이 유지되는 범위에서 반출 가능한 수준으로 전환하여 제출'하도록 요청했고, 그에 맞게 수정했다"고 설명했다.
감사원은 이와 함께 공직자 7000여명의 5년 9개월치 열차이용 내역을 일괄 수집한 데 대해서는 "특정인의 사퇴를 목적으로 하는 표적감사나 사찰이 아니며, 민간인 시절 등 불필요한 자료는 즉시 파기했다"고 해명했다.
전현희 권익위원장에 대한 표적감사 비판에는 "장관급 기관장이라고 해서 그에 대한 제보를 확인하지 않는다면 오히려 업무 해태에 해당할 것"이라고 강조했다.
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